未定型结肠炎的治疗原则与溃疡性结肠炎基本相同，药物治疗选用的药物种类也一样，包括氨基水杨酸制剂、皮质类固醇类、免疫抑制剂、益生菌以及炎症因子单克隆抗体等。对于病情复查，治疗效果差，或慢性疾病反复发作，结肠检查活检病理发现上皮内瘤变时，可以根据具体情况，做全结肠或结肠部分切除。

正如未定型结肠炎的命名所说的“为定型”那样，相当一部分未定型结肠炎经过一段时间以后，可能变化为典型的克罗恩病或溃疡性结肠炎。这时候，处理原则也会随之而改变。不过，结肠的危险与溃疡性结肠炎一样，需要加以随访和监测。有一点要注意，未定型结肠炎的药物治疗效果较差，对皮质类固醇需要可能要加大，免疫抑制剂的使用也是如此。