根据目前的有关共识，未定型结肠炎的诊断要根据内镜、结肠多部位活检、影象学检查和临床资料以及手术后病理资料等综合作出判断。当然，手术后病理仍然最为重要。诊断依据为内镜检查和结肠多部位活检标本的组织学均肯定为炎症性肠病改变，但不能作出肯定为结肠炎，才考虑为未定型结肠炎。对于慢性或复发性结肠炎的患者，当其内镜检查结果未确定，且其结肠不同部位的活检标本具有炎症性肠病的表现，但是又缺乏溃疡性结肠炎或克罗恩病的诊断特征时，可诊断未定型结肠炎。

需要特别注意的是，有些慢性溃疡性结肠炎患者受过较长时间的药物灌肠治疗，其结肠病变可能具有直、乙结肠病变消失或明显减轻的特点。这时候，不能以远段结肠病变轻或正常而误判为未定型结肠炎。