儿童便秘对儿童健康的危害主要有三方面。

首先引起肛裂。正常排便时肛门不会受损伤，但如果肛门及肛管所承受的能力超过一定程度时，则会造成肛门撕裂损伤而出血。

其次，影响智力发展。研究证实，便秘可影响儿童的记忆力，同时对逻辑思维能力和创造思维能力也有影响。因为便秘时食物长期滞留于肠道，产生大量的有害气体和毒素，经肠壁吸收进入血液循环系统，运转到各个器官和大脑。毒素能使脑神经接受刺激的敏感性，及脑影响智力的发挥。

第三，可引发遗尿。临床资料表明，便秘可导致直肠膨胀压迫膀胱壁，使其容量减少，同时又刺激膀胱壁，使膀胱收缩力减弱，从而缩短尿液在膀胱中的滞留时间，增加排尿次数，引起儿童遗尿。