造成便秘有原因有许多，90%是纤维及水份的摄取不足，因为工作而必须常常久坐，以及环境改变，而且这些原因可能同时存在，使便秘更加严重。下列因素也可能引起便秘的恶化，如旅游、怀孕与饮食的改变，当便意产生时，却刻意忽略强忍住排便的念头，长期下来也可能导致便秘。严重的便秘可能是或肠道狭窄所造成，所以当便秘持续时，最好求助大肠直肠专科医师以免延误病情。

少数的全身性疾病也会造成便秘，例如硬皮症、红斑性狼疮、神经或内分泌系统的疾病，包括甲状腺疾病、多发性硬化症、帕金森氐症、中风以及脊髓损伤。许多药物例如止痛剂、抗忧郁症药物或镇静剂以及其它精神科用药、降血压药、利尿剂、铁剂、钙片及含有铝离子成分的制酸剂，都可能引起或加重便秘。另外有许多并非真正便秘的人，因为有每天都必须要排便才是正常的错误观念，以致滥用泻剂，一旦服用泻剂成习惯后，所需要的泻剂将越来越多，否则就无法排便，造成最后所有药物都无效。

确定便秘的真正原因非常重要，因为如此一来治疗才能简单又有效。首先要检查是否有器质性病变，例如大肠直肠或肠道狭窄，通常肛门指诊是检查的第一个步骤，因为它既简单又能提供真正造成便秘原因的线索。

有些较为严重的便秘可能由大肠直肠瘜肉或憩室所造成，就必须藉由大肠镜或ｘ光钡剂摄影做诊断。一旦确定便秘原因属于器质性病变，就能够针对此加以治疗。除器质性病变外，有些便秘是功能性障碍所造成，这些原因需要较特殊检查才能确定，例如「标记检查」，让病人吞下内含标记的胶囊，之后连续五天接受腹部ｘ光检查，根据标记在肠道中分布情况来诊断大肠肌肉功能是否失调，是不是造成便秘的原因。其它的生理检查可以评估直肠与肛门的功能，例如使用肛门压力检查或排便时ｘ光摄影，就能评估控制排便的直肠及肛门肌肉的反射机转是否正常，许多便秘患者即使做再多的检查也无法找到真正的病因，这类的便秘就叫做非特异性便秘，治疗上会格外的困难。

绝大多数便秘的患者可以藉由高纤维食物如：谷类、麦片、全麦面包、蔬菜水果与增加水分摄取，获得良好改善；生活形态的改变对便秘改善也有帮助。高纤维饮食除能改善便秘外，对降低胆固醇、减少大肠直肠息肉、以及痔疮的发生也有帮助，而且可能需要持续几周或几个月后，便秘才能获得改善。但是纵使长期服用高纤维饮食，也不会有刺激性泻剂过度使用或滥用后造成的依赖及伤害副等作用。其它的泻剂、灌肠剂或栓剂只能在大肠直肠专科医师的建议及追踪下使用。

有部份病人是因为骨盆腔的生理功能疾病所造成的便秘，这类病患通常需要接受生物回馈训练，这是教导患者培养固定排便的习惯，对改善便秘也非常有帮助。藉由生物回馈训练，有些患者能改善肛门括约肌功能不足的问题，便秘也能因此而获得缓解。只有很少数非特异性便秘的患者需要藉由外科手术来治疗便秘。