现代医学认，感染是引起肛门直肠周围脓肿的主要原因，而外伤、等也能导致肛门直肠周围脓肿。

①感染因素：首先两肛门直肠周围感染，譬如，肛窦炎引起的肛门周围脓肿、肛裂感染、痔感染、会阴部手术感染(痔注射或手术后感染，产后侧切后感染，列腺、尿道手术后感染等)、尾骶骨骨髓炎或结核等。

其次为肛门周围皮肤的疾患，诸如，化脓性汗腺炎、毛囊炎、肛门腺炎、蜂窝组织炎、粉瘤、尖锐湿疣、平滑肌瘤、血管瘤感染等。

另外，结核病、溃疡性肠炎、克隆氏病、糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等全身疾病也能引起肛门直肠周围脓肿。

②外伤因素：枪弹贯通伤、刀等锐器刺伤、直肠肛门内异物损伤等。

③：肛管直肠破溃或波及深部、平滑肌瘤、血管瘤、脂肪瘤等感染，骶骨前畸胎瘤等。

④其他因素：性病性淋巴肉芽肿、放线菌病、直肠憩室炎等感染。