肛瘘自愈机会极少，原因有：

1、内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；

2、肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态；

3、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合；

4、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道；

5、管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。

肛瘘不但无法“不治自愈”，而且如果刚开始时得不到规范的治疗，还容易出现久治不愈、反复发作的现象。久拖不治的老肛瘘还会存在发生恶变的危险。

肛瘘的治疗原则是手术为主，这是医学界公认的事实。因为只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键；只有通过手术，才能把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。