肛瘘手术是根治肛瘘最好的办法，很多患者因为肛瘘手术费用或者惧怕手术等种种原因放弃了手术治疗，稍不注意，肛瘘在此复发，常给患者带来极大的痛苦。如果进行肛瘘手术一定要前往正规的肛肠医院，因为肛瘘手术内口处理是关键，如果内口处理不好，仍可复发。

肛瘘的内口是初起感染生成肛瘘的入口，是发病的起源，因此，肛瘘都有其内口，同时，瘘管长期不能愈合，充分证明有病灶内口的存在。手术中的观察也证实了这点。

一般来说，绝大多数内口在肛窦内及其附近，集中在肛管后正中部两侧发病。内口可在直肠下部或肛管的任何部位，但多在内外括约肌连接处的平面上。有的有二处内口，一在肛管，一在直肠。临床中，若内口在直肠下部，表示瘘管复杂，手术操作较困难;若同一平面上有两个内口时，表示有两个瘘管，各有内口通入肛管。一般内口较小、圆形，在齿线附近可摸到变硬的凹陷;有的内口较大，形状不规则;内口较大的多为结核性肛瘘。

肛瘘手术内口处理是关键。手术时如找不到内口，或内口处理失当，瘘管则不能完全治愈。即便有时伤口暂时愈合，因入口仍然存在，感染时仍易复发，形成肛瘘。因此，在手术之前，一定要仔细检查肛瘘的内口，完全切除或切开它，才能彻底治愈肛瘘。